有马基督教遗产纪念馆展示着，于2018年被注册为世界文化遗产的“长崎和天草地区潜伏基督教关联遗产”的构成遗产“原城遗迹”，进行发掘调查情况及当时发现的农民武装起义军的各种遗物。此外，也展出国家指定历史遗迹日野江城以及支持基督教信仰的「有马神学院」有关资料。在此，您还可以了解到长崎和天草地区发生过对基督教的暴力镇压，以及导致他们随后藏匿的过程。