在雲仙火山誕生之前，沉積在海里的砂礫和黏土等地層上，覆蓋著來自雲仙火山最初期的堆積物。它的年代大約是五十萬年前。
從地層中含有的輕石來看，我們了解到，最初的雲仙火山與現在形成熔岩穹頂式的火山噴發不同,，是爆炸式的火山噴發。