1496年、有馬貴純によって築かれたといわれ、別名「日暮城」とも呼ばれた美しい城でした。島原城の築城に伴う「一国一城令」により、原城は廃城となりましたが、1637年にぼっ発した「島原・天草一揆」では、一揆群がこの原城に籠城しました。
周囲のうち三方海に囲まれた原城は、阿蘇山から海を渡って流れてきた火砕流の堆積面の上に建てられました。火砕流は、地形のでこぼこを埋めるように堆積するため、平坦な地形面をつくります。ここに平坦な地形があった事が、原城を築く一つの要因だったのでしょう。ちなみに、阿蘇山から来た火砕流に伴う火山灰は、遠く北海道でも約14cmの厚さで堆積しています。
2018年に「長崎と天草地方の潜伏キリシタン関連遺産」の構成資産として世界文化遺産に登録されました。