雲仙火山が誕生する前に、海の中にたまった砂や粘土などの地層の上に、雲仙火山の最初期の噴火に由来する堆積物がおおっています。その年代はおよそ50万年前です。
地層の中に軽石が含まれていたことから、最初の雲仙火山は、溶岩ドームをつくるような今の噴火とは異なる、爆発的な噴火を起こしたことがわかります。