2018年に世界文化遺産に登録された「長崎と天草地方の潜伏キリシタン関連遺産」の構成資産である「原城跡」で行われた発掘調査の様子や、その時に見つかった一揆軍の様々な遺品が展示されています。この他、国指定の史跡である日野江城やキリスト教の信仰を支えた「有馬のセミナリヨ」に関する展示もあり、長崎や天草地方で生じたキリシタンへの激しい弾圧とその後の潜伏に至る経緯を学ぶことが出来ます。