2018년 유네스코 세계문화유산에 지정된 '나가사키와 아마쿠사 지방의 잠복 기리시탄 관련 유산'의 구성 자산인 '하라 성터'에서 진행된 발굴조사 모습과 발굴된 '시마바라•아마쿠사의 난' 당시의 여러 유물들이 전시되어 있습니다. 또한 국가 지정 유적인 히노에성과 기독교 신앙을 지탱했던 '아리마의 세미나리요'에 대해서도 소개하고 있어 나가사키와 아마쿠사 지방에서 행해진 기리시탄을 향한 가혹한 박해와 그 후 잠복 신앙에 이르기까지의 과정을 배울 수 있는 곳입니다.